Nous sommes dans l'Espagne du XVIe siècle. Le film commence par l'arrivée d'Angleterre de Francis Barnard à la demeure de Don Nicholas Medina son beau-frère. Celui-ci a appris la mort de sa soeur Elizabeth et veut connaître la cause exacte de sa mort. Il est accueilli froidement par Maximillian, mais il le laisse entrer suite à l'intervention de Catherine, la soeur de Medina. Cette dernière avise Francis qu'il ne pourra voir Nicholas qu'au souper. Celui-ci est souffrant et doit se reposer. Comme on lui apprend que sa soeur est dans la crypte du château et qu'elle est morte depuis trois mois, ce que ne savait pas Francis, ce dernier demande à s'y rendre. En route pour la crypte, Francis est attiré par un bruit provenant d'une porte. Nicholas surgit de cette porte et dit que cela provient d'un mécanisme qui demande souvent des réparations. Francis est surpris de le retrouver à cet endroit plutôt qu'au lit comme l'en avait informé Catherine, puis se montre fâcher de ne pas avoir été avisé plus tôt de la mort de sa soeur. Il demande immédiatement à savoir la cause de la mort de celle-ci. Medina se montre affligé par la mort de sa femme et lui donne comme excuse un dérèglement qui a fait en sorte qu'il y ait moins de globules rouges par rapport aux globules blancs. Francis se montre méfiant et veut savoir ce qui s'est réellement passé dans le château. Medina lui montre la chambre de sa femme qui n'a pas été touchée depuis sa mort et tente de lui démontrer la douleur ressentie suite à son départ. Que son scepticisme ne fait qu'ajouter à sa douleur. Au souper ceux-ci reçoivent la visite du Docteur Leon. Francis demande à celui-ci la cause exacte de la mort de sa soeur. Surpris de cette question, croyant que la nouvelle lui avait été apprise, il lui avoue que celle-ci est morte dans la chambre des tortures d'une rupture d'anévrisme dû à une grande frayeur. Medina se défend de ne pas avoir dit la vérité pour ménager Francis, mais il se rend compte qu'en ayant agit ainsi il se montre encore plus suspect à ses yeux. Celui-ci demande à visiter la salle en question. Salle qui a appartenu au père de Nicholas, Sebastian le Grand Inquisiteur, reconnu pour sa cruauté. Son père qui n'a pas hésiter à tuer sa femme Isabella et son frère Bartolome tous deux ayant une liaison illégitime. Et cela sous les yeux de Nicholas, enfant, qui s'était caché dans la salle des tortures. Gestes morbides qui avaient affecté sérieusement l'équilibre psychologique de l'enfant. Équilibre encore fragile à l'âge adulte. Medina dit avoir tout fait pour que l'ambiance malsaine du château et de la salle des tortures en particulier ne cause pas de dommage à sa femme. Cependant, avec le temps celle-ci s'est laissée imprégner par celle-ci. Elle a commencé par perdre l'appétit, puis s'est mise à errer dans les couloirs la nuit en disant que quelque chose l'oppressait. L'ambiance et les instruments de torture la tourmentaient de plus en plus et l'entraînaient vers la maladie et la mort. Alors que Medina et Elizabeth voulaient changer d'air en faisant un voyage, la veille au soir du départ Medina a entendu un cri. Il a retrouvé Elizabeth morte dans la salle des tortures. Une fois seule avec Francis, Catherine Medina demande à celui-ci de croire son frère et de ne pas l'accabler inutilement, en croyant ce qu'il dit. C'est d'ailleurs celle-ci qui lui apprend les événements vécus dans son enfance et la culpabilité qu'il ressent depuis ce jour face aux agissements de son père. Que ceux-ci ajoutés au chagrin de la mort de sa femme l'a mis dans un état proche de la folie. Francis promet d'essayer. La nuit venue, alors que Francis est couché dans son lit, celui-ci entend de la musique provenant d'un clavecin. Tous sortent de leurs chambres et se montrent surpris. Seulement Elizabeth était capable de jouer de cet instrument. Une bague appartenant à celle-ci est retrouvée sur le clavier. Léon raconte aux autres que Nicholas pense que sa femme a été mise dans la crypte vivante, ce que lui nie. Il dit que c'est ce dernier qui s'est mis cela dans la tête suite au fait que sa mère dans les faits n'est pas morte torturée, mais a été emmurée vivante. Il dit craindre que quelqu'un se serve de ce secret pour torturer Nicholas. Un cri se fait entendre provenant de la chambre d'Elizabeth. C'est Maria, une domestique, qui y faisant du ménage a entendu sa maîtresse l'appeler et lui dire de sortir de sa chambre. Un peu plus tard des bruits se font de nouveau entendre dans la chambre d'Elizabeth. Tout y a été saccagé dont le portrait d'Elizabeth. Francis y découvre un passage secret qui conduit tout droit à la chambre de Medina. Il accuse Medina d'être à l'origine de ces actes, ce que nie celui-ci. Medina en vient alors à douter de ses agissements, ce que nie Léon soupçonnant plutôt Maria. Medina veut savoir si sa femme a réellement été mise en crypte vivante et veut mettre un terme à ses doutes en exhumant le corps de celle-ci. Pendant qu'on brise le mur, Medina revoit dans ses pensées sa mère se faire emmurer vivante. Après avoir ouvert le cercueil, ceux-ci découvre le cadavre figé dans la frayeur d'une Elizabeth ayant été enfermée vivante, ce qui donne raison à Nicholas, qui dit l'avoir tué. Léon lui suggère de quitter les lieux, mais celui-ci refuse disant vouloir expier sa faute et acceptant par le fait même la vengeance de sa femme. Leon lui dit que c'est la première fois dans sa pratique qu'il voyait un corps présenter autant l'apparence de la mort, et qu'il n'a pas à se culpabiliser. Francis veut présenter ses excuses avouant croire à l'innocence de Don Medina. Alors que la tempête se déchaîne à l'extérieur, Nicholas entend la voix d'Elizabeth. La porte du passage secret s'ouvre dans sa chambre. Il y entre et débouche dans la crypte où il voit le cercueil s'ouvrir et Elizabeth se lever les mains ensanglantées. Medina pris de frayeur se sauve poursuivi par le spectre de sa femme. Pendant ce temps Catherine s'étant aperçu de l'absence de son frère part à sa recherche avec l'aide des autres. Medina se dirigeant en direction de la salle des tortures fait une chute en bas des marches. Sa raison se mettant à défaillir. Le docteur Léon fait irruption dans la salle des tortures et déplore l'intervention trop rapide d'Elizabeth, car dans les faits c'est un coup monté entre elle et lui pour se débarasser de Nicholas. Les deux sont en effet amoureux. Medina complètement dément et ayant pris la personnalité de son père voit en eux, Isabella et Bartolome. Il assomme Léon puis le tire dans le puits. Puis s'emparant d'Elizabeth, il l'enferme dans un cercueil de fer. Francis arrivant à son tour dans la salle des tortures se fait attacher et est soumis au supplice du pendule. C'est grâce à l'intervention de Catherine et Maximillian que celui-ci est sauvé. Nicholas lors d'un combat avec Maximillian est tuer en tombant à son tour dans le puits. Elizabeth pour sa part reste emprisonnée sans pouvoir avertir qui que ce soit de son existence étant bâillonnée. Les autres ignorant même le fait qu'elle soit encore vivante, quittent la chambre des tortures, Catherine promettant de la faire condamner à jamais, vouant ainsi sans le savoir Elizabeth à la mort.